La entrada a la sacristía se encuentra en la nave sur y se comunicada con el templo por una imponente puerta de roble americano. Al ingresar observamos el retablo del siglo XVIII perteneciente a la Compañía de Jesús, con una imagen tallada del Crucificado y a sus pies, el sagrario de la reserva.
El techo de la Sacristía cuenta con vigas a la vista y claraboyas. Del centro pende majestuosa una lámpara estilo imperio que perteneció al Primer Congreso Nacional. Antiguamente poseía caireles y un centenar de velas, luego fue transformada a gas y actualmente funciona con luz eléctrica.
Uno de los grandes protagonistas de la sala es el mueble de caoba de 17 metros de largo y 3 de altura, de origen jesuita. Es considerado una de las más finas obras de ebanistería de América. Sobre él, observamos un cuadro de la Última Cena fechado en 1652, sin firma, atribuido a Diego de la Puente.
En las paredes laterales cuelga una colección de cuadros, obra del famoso pintor José Ambrosi, con las imágenes de Jesucristo, la Virgen María y los Apóstoles.
